ฝ่ายกองคลังเป็นองค์กรการบริหารภายในของสำนักงานอธิการบดี นับตั้งแต่สำนักงาน อธิการบดีวิทยาลัยครูสุราษฎร์ธานี ได้จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติวิทยาลัยครู พ.ศ. 2518 และได้มีการแบ่งการจัดองค์กรภายในซึ่งประกอบด้วยฝ่ายต่างๆรวม 11 ฝ่าย คือ ฝ่าย เลขานุการ ฝ่ายธุรการ ฝ่ายการเงิน ฝ่ายการเจ้าหน้าที่ ฝ่ายประชาสัมพันธ์ ฝ่ายพัสดุ ฝ่ายยาน พาหนะ ฝ่ายสวัสดิการ ฝ่ายอนามัยและสุขาภิบาล ฝ่ายอาคารสถานที่ ฝ่ายเอกสารการพิมพ์ ต่อมาในปี พ.ศ. 2538 (ร่าง) พ.ร.บ. สถาบันราชภัฏสุราษฎร์ธานี ได้ผ่านความเห็นชอบของ รัฐสภา และได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่มที่ 112 ตอนที่ 4 ก วันที่ 24 มกราคม 2538 จงมีผลให้วิทยาลัยครูสุราษฎร์ธานี เปลี่ยนเป็น “สถาบันราชภัฏสุราษฎร์ธานี” และมีการเปลี่ยนแปลงการแบ่งส่วนราชการภายในสถาบันฯ โดยเฉพาะ “สำนักงานอธิการ ” เปลี่ยนเป็นสำนักงานอธิการบดี” และมีผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบดี เป็นผู้บริหาร และ ได้จัดระบบบริหารเพิ่มมาอีก 2 ฝ่ายคือ ฝ่ายกฏหมาย และฝ่ายรักษาความปลอดภัย ดังนั้น ฝ่ายการเงินจึงนับว่าเป็นองค์กรหนึ่งที่อยู่ภายใต้การบริหารงานภายในสำนักงานอธิการบดี และต่อมาในปี พ.ศ.2547 สถาบันราชภัฏสุราษฎร์ธานี ได้ฐานะเปลี่ยนเป็น มหาวิทยาลัยราชภัฏ สุราษฎร์ธานี มีฝ่ายการเงินซึ่งได้ปรับเปลี่ยนเบิกกองคลังสนับสนุนและอำนวยความสะดวก ในการบริหารจัดการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยให้บรรลุเป้าหมายตามภารกิจความเป็น มหาวิทยาลัยท้องถิ่นอย่างแท้จริง
